科技部修正「科技部補助專題研究計畫作業要點」及「科技部補助專題研究計畫經費處理原則」部分規定，修正處分別摘要如下：
一、科技部補助專題研究計畫作業要點（修正對照表、辦法）
1.第六條第三款第一目第二小目：增訂敘明理由報經科技部同意，得出席國際學術會議之但書規定，以鼓勵科研人員參加該領域之重要國際學術會議。
2.第七條第三項：刪除特約計畫主持費標準支給。
3.第十三條第二款第三目：增訂科技部得依當年度立法院審議經費情形調減多年期計畫補助經費。
4.第十三條第三款：增訂如未依規定繳交報告或執行成效未如預期且計畫主持人未盡力改善時，科技部得調減次年度經費或終止執行該計畫。
5.第十七條第一款：文字「中止」修正為「終止」。
6.第二十三條：增列未能配合計畫申請、執行及管理之各項規定者之罰則。
7.第二十六條第八、九款：刪除有關日期之過渡規定。
8.第二十六條第十款：增訂研究紀錄保存期限規定。
二、科技部補助專題研究計畫經費處理原則：（修正對照表、辦法）
1.第三條第五項：鬆綁補助項目間經費流用限制，除國外差旅費維持現行規定外，其餘補助項目執行機構得依內部行政程序辦理流用。
2.第三條第六項：刪除經費不敷支用規定，以提供因研究計畫實際需要追加經費之彈性。
3.第五條第一項：配合科學技術基本法修正第一項有關辦理科研採購之規範。
4.第六條第二款第一目：刪除與經費請領之規定無相關聯之文字，並酌作文字修正。
5.第十條第二項及第十一條第三款：配合行政院修正「政府支出憑證處理要點」名稱。