一、行政院及行政院主計總處界定補助對象執行補助經費之支用單據非屬補助機關之原始憑證，機關已無原始憑證留存受補助對象處所之情形，故科技部之查核係針對受補助機構執行補助經費之各項支用單據，爰配合修正要點名稱。修正重點如下：
(一)第一點：將「原始憑證」修正為「支用單據」。
(二)第二點：實地查核支用單據之範圍，配合修正為依補助作業要點、合約書或核定通知函等相關規定免送回科技部審核者。
(三)第三點：為增加執行彈性及符合實際狀況，將現行規定第二項修正後移列為修正規定但書，
1.考量查核之計畫非僅有專題研究計畫，且執行機構涉有補助經費浮報、虛報情形應回歸各作業要點規定辦理，爰刪除現行規定第一項「專題研究」文字，並修正現行第二項依專題研究計畫作業要點規定作成處分之規定為經科技部依相關補助作業要點等規定作成處分。
2.執行機構涉有補助經費浮報、虛報情形，次年度之抽查比率原就較一般情形（百分之六）為高，爰刪除現行規定第二項「以補助經費百分之七為下限」等文字。
3.涉浮報、虛報之執行機構次年度未再發生者，次次年度之抽查比率本當予恢復，無須特別規範，爰刪除現行第三項規定。
(四)第四點：受補助對象執行補助經費之支用單據，屬受補助對象之原始憑證，應由受補助對象依其主管機關所定法規及會計制度等有關規定妥善保存；補助機關同意受補助對象檢送收支清單先行結報者，應於事後審核支用單據並將結果作成紀錄。
二、檢附科技部補助經費原始憑證就地查核實施要點修正對照表、科技部補助經費支用單據查核實施要點（請點選）。